1978 yılında Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nden mezun olmasının ardından aynı fakültede Genel Cerrahi ihtisası yaptı.

Askerlik görevi ve mecburi hizmetinin ardından 1986 yılında başlayarak İstanbul Üniversitesi, İşletme Fakültesi, İşletme İktisadı Enstitüsü, Cleveland Clinic Foundation ve MD Anderson Cancer Center’da sağlık yöneticiliği eğitimleri aldı. Genel Cerrahi Uzmanlığı ve yöneticilik görevlerini İntermed Tıp Merkezi, MedAmerikan Tıp Merkezi, İstanbul Cerrahi Hastanesi ve Bayındır Sağlık Grubunda sürdürdü.

Dr. Cengiz Babacan halen Acıbadem Bodrum Tıp Merkezi Check-Up bölümünde ve TheLifeCo Bodrum'da hizmet vermektedir.