Darüşşafaka Lisesi mezunu olan Emrah Bayraktar, uzun yıllar Darüşşafaka amatör futbol takımında futbol oynadı. Transfer olduğu Beşiktaş altyapısında 1994-1996 yılları arasında PAF takımında forma giydi. 1994-2000 yılları arasında Marmara Üniversitesi Spor Akademisi’nde gördüğü eğitimin ardından 2000-2002 yılları arasında Viyana Üniversitesi’nde Spor Bilimleri eğitimi aldı. 2003-2006 yıllarında Galatasaray Futbol Kulübü’nün altyapısında PAF takım antrenörlüğü ve Profesyonel Takım kadrosunda Eric Gerets’ in yardımcılığı görevlerini üstlendi. 2006-2008 yıllarında Gaziantep Büyükşehir Belediyespor ve Orduspor Kulüplerinde yardımcı antrenörlük, 2009 yılında ise Siirtspor’ da Teknik Direktörlük görevlerinde bulundu. 2006-2009 yıllarında UEFA tarafından B-A ve PRO Lisans eğitimleri alan Bayraktar, UEFA Antrenör Eğitimcisi (Tutor) sertifikası alarak, UEFA tarafından akredite edildi ve 2009- 2011 yıllarında Türkiye Futbol Federasyonu UEFA Antrenör Eğitimi Yönetmeni ve TFF Gençlik Geliştirme Programı Direktörü görevlerinde bulundu. Beşiktaş Jimnastik Kulübü tarafından 2011 yılında Altyapı Koordinatörlüğüne getirilen Emrah Bayraktar 2016 yılına kadar 5 yıl süreyle bu görevde bulundu. 2017- 2018 sezonu sonunda tekrar görev aldığı Galatasaray Futbol Akademisi Teknik sorumluluğu görevinden ayrıldı. Emrah Bayraktar evli 2 çocuk sahibi ve ileri derecede İngilizce ve Almanca biliyor.